公积金贷款还款日余额不足只扣除部分，可以用以下方法解决问题：
1.主动还款
在公积金贷款还款日，如果系统只扣除部分还款金额，用户可以选择主动还款。系统发起自动扣款后，扣款资金不符合本期扣款金额，系统不会立即发起第二次扣款。在系统启动第二次扣款之前，用户可以选择主动还款。主动还款的好处是，还款可以在系统自动扣除前完成，以确保公积金贷款按时还款。
主动还款通常通过移动银行和在线银行进行。还款成功是否以页面显示为准。公积金贷款按时还款可以积累良好的信用记录，良好的信用记录可以帮助用户提高个人综合信用评分，从而提高通过贷款审能性。
2.等待系统自动扣除
系统在公积金贷款还款日发起多次扣款，每次扣款间隔一定时间。第一次发起扣款，系统只扣除部分还款金额，系统会在一段时间后发起第二次扣款。用户可以选择将剩余的还款金额存入银行卡，然后耐心等待系统发起自动扣款。只要用户还款银行卡状态正常，系统就能成功扣款。扣除成功后，用户的银行卡余额会发生变化，用户可以查询银行卡余额，了解扣除是否成功。
虽然系统会在还款日发起多次扣款，但如果用户无法确认系统的具体扣款时间，建议用户在扣除部分还款金额后选择主动还款，以避免逾期贷款。如果用户能够确认系统的自动扣款时间，则将剩余的还款资金存入银行卡，耐心等待系统再次扣款。
在公积金贷款还款日，系统只扣除部分还款资金，不会直接导致公积金贷款逾期。只要用户在公积金贷款还款日还清当期还款金额，银行就会将主动还款或自动还款视为正常还款。只要还款正常，就不会产生逾期记录和逾期利息。
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