主债权消失的主要原因有：清偿、抵消、免除和主债权诉讼时效届满。
“主债权诉讼时效届满导致抵押权消失”是物权法新增的规定。原担保法司法解释规定，主债权诉讼时效结束2年内。担保物权人行使担保物权的，人民法院应予以支持。这就是说主债权诉讼时效届满并不必然导致抵押权消失。
民间借贷网表示，所有人抵押权分为两种：
①设立的所有人抵押权：所有人为自己在自己所有的债权上设立的抵押权;
②法定的所有人抵押权：我国担保法规定的就是后发生的所有人抵押权，是指原来是他人的抵押权，但基于法定原因(如所有权与抵押权混同)，该抵押权后为所有人取得。
我国担保法所称的所有人抵押权一般指法定的所有人抵押权，这样规定的目的是为了保护特殊情形下所有人的收益。
例：如甲公司以价值300万元的房产向银行抵押贷款200万元，并办理了登记;此后，甲向乙借款200万元，并约定以上述房产抵押，但未办理抵押登记。如银行借款先到期，甲尚欠银行150元，与银行协商，以该房产50%产权折价偿还银行的债务，则银行与甲公司的债务关系消灭，银行既是该房产的共有人，又是抵押人。银行的抵押权则为所有人抵押权。乙债权到期后未受清偿的只能以该房产另外50%产权的价款优先受偿，而不能以该房产的全部产权主张抵押权。
法律规定所有人抵押权制度的目的，旨在保护抵押权的次序利益。即抵押权在先的抵押权人在代偿后，如抵押权消失，则顺序在后的抵押权人反而因顺序在前的抵押权人的清偿行为而获利，则失显公平。
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